原核轉錄組測序基于二代高通量測序平臺,對原核生物的轉錄本(mRNA和非編碼RNA)進行測序,通過構建鏈特異性文庫,獲取原核生物在某個時期或某種環境條件下的所有轉錄本信息,從基因序列水平和表達水平來獲得原核生物在特定狀態下的所有序列信息。通過高通量測序我們可以對mRNA進行表達定量分析,差異表達基因及其相應功能分析,同時還能夠獲得非編碼 RNA(sRNAs)的信息,通過sRNAs的靶基因預測和共表達分析研究sRNAs對應的功能,揭示微生物不同表型形成的分子調控機制和功能。

由于原核生物mRNA不具有polyA尾結構,需要采用去除rRNA的方法構建文庫,泓迅科技可針對不同的研究物種采取有效的方法去除rRNA,保證數據質量。

服務優勢

  • 數據質量高:具有豐富的原核生物轉錄組測序建庫經驗,rRNA去除效率好,數據質量高
  • 建庫穩定性好:采用鏈特異性建庫,穩定性強,建庫成功率>98%
  • 分析全面:除mRNA定量分析外,可同時進行mRNA和sRNA分析、sRNA 預測、基因結構分析、變異分析等,分析內容全面
  • 專業性強: 極強地處理復雜樣本的能力,協助客戶快速、高效、準確性地進行生物信息分析
  • 定制化服務:可結合客戶的各種需求,提供靈活的個性化定制信息分析服務
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    技術路線

    原核轉錄組測序

    服務詳情

    服務項目 樣本類型 測序模式 送樣要求
    原核轉錄組測序 微生物菌體(≥ 5×107),組織,環境樣品,總RNA等 HiSeq 4000, PE150 建議總RNA起始量:≥3μg;濃度:≥70 ng/μL

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    分析項目

    1. 原始數據處理及數據質控
    2. 參考基因組比對
    3. RNA-Seq整體質量評估:測序飽和度分析,基因覆蓋度分析
    4. 基因表達水平:表達量,表達差異分析
    5. 差異基因注釋:GO注釋,KEGG注釋
    6. 差異基因富集分析:GO、KEGG富集分析,GO富集DAG圖
    7. 差異基因表達模式聚類
    8. 反義轉錄本預測
    9. 操縱子分析
    10. sRNA預測
    11. 變異分析

    訂購與咨詢

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