因為構建的極其簡單性和極強的可編程性,CRISPR-Cas9基因組編輯系統在遺傳學篩選領域的應用越來越廣泛,并且有文獻報道表明,用CRISPR-Cas9進行基因敲除的篩選結果比RNAi要更加有效和可靠,并且特異性更高[1];而目前,基于CRISPR-Cas9系統的基因敲除篩選研究已經用于多個領域的靶點和基因鑒定,如腫瘤發展[2]、藥物耐受[3]、免疫應答[4]、細菌毒素易感性[5]等。

泓迅科技利用本地化的CRISPR-Cas9 sgRNA設計平臺,針對每個基因設計10個sgRNA,并制備成CRISPR-Cas9 sgRNA Panel文庫,包括的文庫形式有質粒、慢病毒、體外轉錄sgRNA等,可以為腫瘤發展與進化研究、細胞周期信號通路中靶標篩選、細胞信號通路遺傳學篩選研究等提供集成化的sgRNA文庫產品。

CRISPR-Cas9 sgRNA Panel優勢

  1. 聚焦集成化的CRISPR-Cas9 sgRNA Panel設計;
  2. 質粒、慢病毒、體外轉錄sgRNA等交付形式;
  3. 泓迅科技Syno?3.0高通量基因合成平臺提供最低合成與構建成本。

CRISPR-Cas9 sgRNA Panel文庫篩選流程

文庫篩選可以分為兩種類型:陽性篩選和陰性篩選 ,兩種類型均采用與所研究的表型相關的選擇方法。慢病毒CRISPR-Cas9 sgRNA文庫的已有的選擇機制舉例包括:抗癌藥物維羅非尼的抗藥性靶點篩選、抗腐敗梭菌α毒素的靶點篩選、抗6-硫鳥嘌呤核苷酸的靶點篩選。Pooled Panel文庫篩選的同時結合二代測序技術可以精確評估目標基因會受選擇機制的影響。

sgRNA Panel篩選流程

sgRNA Panel篩選流程


篩選類型 區別
陽性/正向篩選 -應用文庫
-選擇機制:大部分細胞死亡或沒有成功轉入質粒或病毒
-選取存活的細胞
-將存活的細胞進行二代測序
-獲取與選擇機制相關的基因列表
陰性/反向篩選 -應用文庫
-在建立對照組的基礎上進行二代測序:應用文庫,平行測序
-應用選擇機制,大部分細胞存活
-將存活的細胞進行二代測序
-對比兩組細胞的測序結果
-得到因為增加選擇機制而消失的sgRNAs列表


人類蛋白激酶sgRNA Panel文庫

泓迅科技可以針對人類蛋白激酶基因提供sgRNA Panel文庫,篩選出對細胞通路、細胞周期和細胞信號轉導過程具有調控作用的基因。從催化結構域的序列同源性分析角度看,超過92%的人類蛋白激酶可以歸為一個龐大的蛋白超家族,這其中又可以分為大致9個家族,包括:

蛋白激酶分類 舉例
AGC蛋白激酶家族 PKA、PKC和PKG等,詳細列表請點擊查詢
CAMK蛋白激酶家族 鈣離子依賴的和鈣調蛋白依賴的蛋白激酶,詳細列表請點擊查詢
CK1蛋白酶家族 酪蛋白激酶1等,詳細列表請點擊查詢
CMGC蛋白激酶家族 CDK、MAPK、GSK3和CLK等蛋白激酶,詳細列表請點擊查詢
STE蛋白激酶家族 與酵母Sterile7/11/20蛋白激酶的同源類似物激酶等,詳細列表請點擊查詢
TK蛋白激酶家族 包含酪氨酸蛋白激酶等,詳細列表請點擊查詢
TKL蛋白激酶家族 類酪氨酸蛋白激酶等,詳細列表請點擊查詢
非典型蛋白酶家族 包含了ADCK、Brd蛋白激酶等,詳細列表請點擊查詢
其他蛋白激酶家族 包含了NEK、Wnk等蛋白激酶,詳細列表請點擊查詢

* 詳細列表請咨詢:[email protected]

參考文獻:

1.Sanjana, N.E. (2016). Genome-scale CRISPR pooled screens. Anal. Biochem. Published online June 1, 2016. http://dx.doi.org/10.1016/j.ab.2016.05.014.
2. Shalem, O., Sanjana, N.E., Hartenian, E., Shi, X., Scott, D.A., Mikkelsen, T.S., Heckl, D., Ebert, B.L., Root, D.E., Doench, J.G., and Zhang, F. (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science 343, 84–87.
3. Shalem, O., Sanjana, N.E., and Zhang, F. (2015). High-throughput functional genomics using CRISPR-Cas9. Nat. Rev. Genet. 16, 299–311.
4. Parnas, O., Jovanovic, M., Eisenhaure, T.M., Herbst, R.H., Dixit, A., Ye, C.J., Przybylski, D., Platt, R.J., Tirosh, I., Sanjana, N.E., et al. (2015). A Genome-wide CRISPR Screen in Primary Immune Cells to Dissect Regulatory Net-works. Cell 162, 675–686.
5. Zhou, Y., Zhu, S., Cai, C., Yuan, P., Li, C., Huang, Y., and Wei, W. (2014). High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells. Nature 509, 487–491.